Vermutlich kehrte Melchior Hofmann im März 1533 nach Straßburg zurück, wo er mehrere Wochen unbemerkt leben konnte.
Am 20. Mai 1533 wurde Melchior Hofmann verhaftet und eingekerkert.
Dieses hatte ihm, wie Obbe Philips später bezeugte, ein Prophet in Emden vorausgesagt. Nach der Prophezeihung jedoch sollte die Haft auf ein halbes Jahr beschränkt sein. Dieses traf nicht zu, dann Melchior Hofmann verließ das Gefängnis nicht mehr, da er im Juni 1533 als unbelehrbarer Ketzer verurteilt wurde.
Hoffmann war zehn Jahre, bis zu seinem Tod eingesperrt. In dieser Zeit verfasst er viele Schriften.
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